YVTにて、インターレースをソフト上から変更することで何か問題はありますでしょうか？また、インターレースを大きくすることで先の問題が起きることはありますでしょうか？

インターレースをソフトウェア上で変更すること自体には特に問題ありません。
ただし、インターレースを大きくすると、1つのフレームのデータを揃える時間もそれに伴って長くなります。

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