HSC-A100-ENCのアプリケーションソフトで、エンコーダの演算はsincosで設定することができますでしょうか。可能な場合は設定方法をご教授頂きたいです。

HSCでSinCosエンコーダを使用することは可能です。

SinCosエンコーダは下記のような設定プロパティになります。
方向：アップの場合、CWが正の回転になります。
供給電圧：電圧監視用の設定です。
分解能：エンコーダの分解能ではなく、ギア比等も含んだパラメータになります。
Resolusionの計算ツールで計算して下さい。
アナログ拡張：位置測定時に使用します。