UAM-05LPAをAGVに設置し、エンコーダ入力を使用する際、左右車輪で前進、後進時に車輪の回転が逆になり、 エンコーダーも逆回転になりますが、エンコーダーパルス処理も逆になりますか。

UAMはA相、B相の入力を見ているだけですので、エンコーダが逆回転の場合、パルス処理も逆になります（左右のエンコーダで進行方向が逆になります）。
エンコーダの向きを合わせて頂くのが難しい場合、
下記のようにA相,B相を逆向きに接続して頂くと左右で進行方向を合わせることが可能です。
エンコーダ①
　UAM A相入力←エンコーダA相
　UAM B相入力←エンコーダB相
エンコーダ②
　UAM A相入力←エンコーダB相
　UAM B相入力←エンコーダA相